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[생명과학] proteomics 연구

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    • 소개글
    [생명과학] proteomics 연구에 대한 자료입니다.
    목차
    1. Proteomics란?
    2. UniProt
    ① Text Search
    ② Sequence similarity searches – BLAST
    ③ Alignment
    ④ Batch retrieval
    ⑤ Database identifier mapping
    3. Expasy
    4. PDB
    5. Reference
    본문내용

    주어진 환경에서 유전체(genome)에 의하여 발현되는 단백질들을 단백체(proteome)라 하며, 이를 연구하는 학문을 단백체학(proteomics)이라고 한다. 어원은 "the set of PROTEins coded by a GenOME"에서 비롯되었다. 최근, Proteomics가 대두된 이유는 첫째, mRNA의 발현으로 단백질의 발현을 예측할 수 없으며, 둘째, 단백질이 변형(methylation, phosphorylation 등등)된 것을 gene sequence에서는 알 수 없으므로 proteome을 연구하게 된 것이다.

    Proteomics
    게놈이 사람이 지닌 모든 유전정보의 집합체라면 프로테옴은 특정 세포나 특수 상황에서 만들어지고 작용하는 단백질의 총집합이다. 즉 생명체의 전체 유전자인 게놈에 의해 발현되는 모든 단백질의 총합인 프로테옴을 다루는 학문으로 이들을 대량으로 분석하고 상호기능관계 지도를 작성하며 구조분석을 통해 궁극적으로 특정 단백질과 이를 만드는 유전자의 기능을 동시에 밝혀내는 것을 목적으로 한다. 최근 이 학문이 각광받는 이유는 인간 유전체 염기서열이 다 밝혀졌다고 해도 그것만 가지고는 유전자 산물의 기능을 알 수가 없고, 이것이 전사(transcription)되어 단백질 생성 수준에서 조절된다고 하더라도 최종적으로 세포 내에서의 기능 여부는 얼마나 정교하고 적절하게 단백질 합성 후 변형되는가에 달려 있기 때문이다. 즉 최종적으로 완벽한 모양이 갖추어진 단백질을 분석하지 않고는 그 유전자의 세포 내 기능을 알 수 없는 것이다. 이런 의미에서 21세기 기술문명을 이끌어나갈 고부가가치, 고성장 산업으로 기대되며 다른 산업에 대한 파급 효과가 클 것으로 예상된다.
    선진국들은 프로테옴 연구를 위해 2000년 국제공동연구단체인 세계인간프로테옴기구(HUPO)를 결성했으며, 우리나라에도 한국인간프로테옴기구(KHUPO)가 2001년 설립되었다.
    일반적으로 genome에 의해 mRNA로 전사가 되면 그 전사가 된 것을 리보솜안에서 단백질로 번역해 낸다. 하지만 genome의 정보는 전사 과정에서 intron이라고 하는 비정보 영역과 exon이라고 하는 정보 영역을 선택적으로 취하게 되고 이것을 다시 번역과정에서 변형시켜서 최종적인 단백질로 되는 것이다. 따라서 우리가 정확한 유전자의 배열을 안다고 해도 실재 세포내에서 기능을 담당하는 단백질과는 차이가 난다는 것이다. 이러한 맹점이 genome project 연구에서 proteomics 연구로 진행된 배경이 될 수 있다.

    참고문헌
    § http://www.uniprot.org/
    § http://www.uniprot.org/?tab=blasttab=blast
    § http://ca.expasy.org/
    § http://ca.expasy.org/prosite/
    § http://ca.expasy.org/ch2d/
    § http://www.nextprot.org/
    § http://world-2dpage.expasy.org/repository/
    § http://ca.expasy.org/enzyme/
    § http://www.pdb.org/pdb/explore/explore.do?structureId=3PXA
    § http://www.pdb.org/pdb/results/results.do?outformat=&qrid=5559DFD7&tabtoshow=Current
    § http://www.pdb.org/pdb/home/home.do


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