따라서 2005년 과세대상자는 주택의 경우에는 국세청 기준시가로 9억 원 초과, 나대지는 공시지가로 6억원 초과, 빌딩·상가·사무실 등 부속토지의 경우에는 공시지가로 40억원을 초과하는 경우 종합부동산세를 과세하게 되었다.
2006년부터는 과세대상자가 주택은 국세청 기준시가로 6억원 초과 나대지의 경우에는 공시지가로 3억원 초과로 변경되었다. 아울러 2005년에는 개인별로 합산해 부과되던 것이 2006년부터는 세대별로 합산 과세하게 되었다
2005년 6월부터 시행된 종합부동산세는 보유세를 지방공공재의 대가로 구성하자는 이런 전통적 이론과는 큰 거리가 있고, 부동산 보유세에 수직적 공평과세의 개념을 들여와 각 개인별로 그가 소유한 부동산을 모아 합한 가치에 누진율을 적용하여 종합부동산세를 과세 한다는 것이다.
종합부동산세는 부동산 경기가 진정국면에 들어서면서 투기관련 대책으로서 의미는 반감하였지만, 부동산 보유에 대한 조세부담의 공평성이라는 점에서는 여전히 중요한 의미를 갖는다. 종전의 재산세와 종합토지세의 문제점으로 첫째, 낮은 보유세 부담과 높은 거래세 부담으로 부동산 과다 보유 억제 기능이 미약하다는 점. 둘째, 과표 현실화율이 낮고 지역ㆍ건물간 그 격차가 크다는 점. 셋째, 지방자치단체장의 과표 현실화 노력이 미흡하고 탄력세율을 과도하게 활용한다는 점. 넷째, 지방세인 종합토지세는 전국 토지 합산기능에 부적합하다는 점 등이 지적되었는데, 종합부동산세는 이런 문제점에 대한 해결방안의 의미도 있다.
헌법재판소가 2008년 11월 13일 종합부동산세의 부부합산 과세 조항에 대해 일부 위헌 결정을 내림에 따라 종부세는 사실상 그 기능을 다하고 머지않아 폐기될 운명에 처한 것으로 보인다. 이미 낸 종부세도 부부합산 과세에 따른 것은 환급될 전망이다. 기획재정부와 국세청 등에 따르면 정부는 헌재의 일부 위헌 결정에 따라 종합부동산세는 이제 의미가 크게 퇴색한 것으로 보고있다.
v이번 결정으로 재정부가 그동안 추진해온 기존 종부세 완화방안도 더 힘을 받게되고 중장기적으로 종부세를 아예 폐지해 재산세에 통합한다는 방침도 속도감 있게 진행될 것으로 보인다.
기존 개편안은 올해 신고분은 주택과 종합합산토지의 과표적용률을 지난 해 수준으로 동결하고 세 부담 상한도 150%로 낮추며 내년 납세 의무분부터는 주택 및 사업용 부동산, 종합합산토지에 대한 과표구간 및 세율을 대폭 완화하는 동시에 과표 산정방식을 공시가격이 아닌 공정시장가액으로 바꾸기로 했다.
이 같은 내용의 법 개정안은 현재 국회에 계류중으로 여야가 이에 대해 어떻게 처리할지에 따라 일부 내용은 바뀔 수 있다.
그러나 큰 틀에서 보면 정부가 종부세를 없애 재산세로 전환하고 단일 세율 또는 낮은 누진세율 체계로 바꾸겠다는 입장을 이미 밝힌데다 이번에 일부 위헌 결정까지 받았기 때문에 종부세는 조만간 역사 속으로 사라질 가능성이 크다.

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