문제점 1. 아이러니한 응익세제도
A씨는 2008년 5천에 취득하여 현재 1억, 2010년 주택을 매각하고자 하나, 비과세 요건이 충족되지 않는 중소득 계층의 사람이다.
이에 반해 B씨는 1세대 1주택자이지만 2007년 5억에 사 2010년 9억원짜리 아파트를 소유하고 있는 고소득계층의 사람이다. 이 경우 A씨는 비과세 요건을 충족하지 못하여 과세를 하게 되나, B씨는 비과세 대상자가 된다. B씨가 더 많은 이익을 봄에도 불구하고 B씨에게는 과세를 하지 않으며 A씨에게는 과세를 하겠다는 것이다. 이것은 양도소득세의 응익세적인 과세제도 때문에 그러한데 이익에 대해서 과세를 할 뿐이지 그 사람에 능력을 고려하지 않아 생긴 문제점 이다.
해결방안 1. 사람들의 담세력에 따라 과세하자.
양도소득세는 3년이상 보유하고 처분금액이 9억원인 경우 9억원까지는 과세하지 않고 그 이후 100원이라도 넘어가게 되면 과세하는 제도이다. 또한 비과세 요건을 충족하지 못한 사람에 대해서도 과세하는 제도이다. 따라서 아이러니하게도 위에 같은 결과가 나타나기도 한다. 학자들은 말한다. 양도소득세는 응익세적인 것만 고려하여 오히려 고소득계층이 저소득계층보다 더 감면혜택을 많이 받는 역진세적인 형태가 나타나기도 한다고 말한다. 이는 사람들의 담세력을 전혀 고려하지 않고 초과이익에 대해서만 과세하다 보니 나타난 결과이다. 따라서 5억원이 넘어가는 주택에 대해서 초과이익이 취득가액보다 1억원이상 나타나게 되면 과세를 한다던가, 양도소득세를 내기 힘든 사람들은 신고할 수 있도록 신고 제도를 두어 구제하는 형태를 정책으로 세우는 것이 바람직하다고 본다.

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