야쿠르트의 출시 이후 꾸준한 성장세와 지속적인 선두기업으로서의 지위는 한국 야쿠르트에게 경쟁에 있어서 비교적 순탄한 길을 걷게 했다. 생산초기 이후 경쟁이 치열해진 70년대 후반에도 야쿠르트의 입지는 굳건하게 지켜졌고, 다른 경쟁사들과의 심한 갈등은 없었다. 오히려 한국 야쿠르트는 경쟁자들의 신제품 출시와 경쟁을 선호하는 편이었다. 한국 야쿠르트의 발효유 시장 주도와 경쟁사들의 새로운 제품의 출시로 인한 경쟁은 발효유 시장의 볼품을 키우는 역할을 하였고 예상은 언제나 적중했다.
그러다 기업 최초의 위기를 맞은 것은 1997년 말 IMF였다. 그러나 이 시기는 야쿠르트만의 위기가 아니었고 모든 업계와 국가적인 차원의 위기였기에 회사의 선도 위치를 빼앗기거나 발효유 업계 자체가 무너지는 등의 진정한 의미의 위기는 아니었다. 그리고 지속적으로 품질을 유지하고 연구개발을 늦추지 않으며, 소비자에게 보다 저렴한 가격으로 제품을 제공하려는 노력으로 이러한 위기 상황을 보다 슬기롭게 극복할 수 있었다.
그리고 오늘날, 처음으로 한국야쿠르트는 위기를 맞이하게 되었다. 현재 국내에는 한국야쿠르트를 비롯하여 주요 10여 개 회사가 발효유를 판매하고 있다. 한국야쿠르트는 1996년 약 41%의 시장점유율이 2000년에는 39%의 시장점유율로 감소하였다. 한국야쿠르트는 발효유 제품 선발업체로서 시장점유율 1위를 유지하고는 있으나 아래와 같은 이유로 시장점유율 신장 및 유지에 어려움을 겪고 있다.

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