하지만, 이러한 교도소의 본래 목적인 교정, 교화와는 달리, 교도소 내에서의 인권유린사건 소식을 종종 접할 수 있다.
국가인권위원회는 모든 개인이 가지는 불가침의 기본적 인권을 보호·증진하여 인간으로서의 존엄과 가치를 구현하고 민주적 기본질서 확립을 위한 인권전담 독립 국가기관이다.
초기에 있어서 국가인권위원회는 인권보호 및 장려임무를 수행하는 모든 형태의 기관을 포함하는 것으로 넓게 정의되었으나 현재에는 (1) 헌법 또는 법률의 규정에 의하여 설립되고, (2) 기능의 면에 있어서 인권장려 및 교육활동과 정부에 대한 인권관련 권고기능 이외에, (3) 공적 주체-경우에 따라 사적 포함-에 의한 인권침해사례 조사 및 구제 등의 기능을 행하면서, (4) 소위 파리원칙이 제시하고 있는 기준에 합치되는 기구가 국가인권위원회인 것으로 이해되고 있다.
주요 업무는 수사기관의 인권침해와 차별행위에 대한 진정 접수 및 조사, 관계 기관에 대한 시정 권고, 인권교육 프로그램의 개발 등 3가지로 크게 나눌 수 있다. 따라서 국가기관지방자치단체 또는 구금보호시설의 업무 수행과 관련해 인권을 침해당한 사람과 합리적인 이유 없이 차별대우를 받은 사람은 누구나 진정을 낼 수 있다. 그러나 원칙적으로는 진정하는 날로부터 1년 이전에 발생한 사건이어야 하고, 다만 공소시효나 소멸시효가 남아 있는 경우에 한해 예외가 적용된다.
국가인권위원회의 특징 ; 강제적 권한의 미약
국가인권위원회의 조사권은 강제력이 약하거나 부여되어 있지 않다. 국가인권위원회의 소환조사를 거부하거나 방문조사나 실지조사를 방해한 경우에는 1000만원 이하의 과태료에 처하도록 하고 있다. (국가인권위원회 법 제63조 제1항) 또한, 인권위원회의 결정은 권고적 효력만 있을 뿐 국가기관을 구속하지 못한다.(제44조, 제48조) 국가인권위원회 설립초기과정에서 인권위원회에 대하여 강제력을 부여하자는 주장이 강하였다.
간단히 말해, 인권침해나 차별행위를 당했을 때 국가인권위원회에 진정을 접수하면 이를 조사해 인권침해나 차별행위를 한 기관에 시정 권고를 한다. 하지만, 인권위의 특성상 인권위의 권고에는 법적 강제력이 없기 때문에, 인권 문제를 해결하는 데 큰 기여를 하고 있지 못하다.
이 표(2010년 기준)에서 보면, 구금시설에서 진정 사건 15,838건 중 15,392이 종결되었다고 했지만, 사실 각하와 기각이 14,355건으로 인권위에서 사건을 제대로 처리했다고 여기기는 힘들다고 판단했다.
안양교도소, 인권위 권고 불수용 논란 (07.10.15)
한 교도관의 수감자 폭행사건에 대해 국가인권위가 교도관 징계를 권고했지만, 해당 교도소가 권고결정을 수용할 수 없다고 밝히고 나서 논란이 예상된다.
안양교도소는 지난 8일 "안양교도소에 수감 중인 아들이 교도관에게 폭행당하였다”며 박모(55세, 남)씨가 낸 진정에 대해, 국가인권위가 지난 3월 안양교도소장에게 "피해자를 폭행한 교도관을 징계하라"고 한 권고에 대해 수용할 수 없다고 밝혔다.

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